新的一年，小新一家决定离开生活了多年的地方，举家前往墨西哥。在新的国度，小新一家遇到了很多新奇的人和事，同时也遭遇到了仙人掌怪物的袭击，小新不得不肩负起了保卫家人的重担。

TVシリーズ化もされた人気カードゲーム・コミック「遊☆戯☆王」の劇場版第3弾。カードバトル・デュエルによってネオ童実野シティを守っている不動遊星は、世界の破滅を目論む未来から来た謎の男・パラドックスに自分のエースモンスター…